Los microscopios ópticos fluorescentes invertidos son muy útiles para observar células u organismos vivos en el fondo de un recipiente grande como un matraz de cultivo de tejidos, en condiciones más naturales que en un portaobjetos de vidrio. Este microscopio es perfectamente adecuado para la observación de cultivos celulares, para obtener detalles del proceso de crecimiento celular, el fenómeno de fluorescencia interna espontánea, la transfección de fluorescencia de células vivas, la transferencia de proteínas, etc.

Además, se puede usar para aplicaciones como la micromanipulación en donde el espacio sobre la muestra es requerido para los mecanismos de manipulación y las microherramientas que poseen, y en aplicaciones metalúrgicas donde se pueden colocar muestras pulidas en la parte superior del escenario y verlas desde abajo utilizando los objetivos reflectantes.