Es la herramienta más utilizada en metrología de superficies y se usa ampliamente en programas educativos, de investigación y desarrollo y de control de calidad. Desde su invención, el microscopio electrónico ha sido una herramienta valiosa en el desarrollo de la teoría científica y ha contribuido en gran medida a la biología, la medicina y la ciencia material.

​

Este amplio uso de microscopios electrónicos se basa en el hecho de que permiten la observación y caracterización de materiales en una escala de nanómetro (nm) a micrómetro (µm).